科研進(jìn)展
西北高原所發(fā)表藏羚首個(gè)染色體水平的高質(zhì)量基因組
藏羚（Pantholops hodgsonii）是世居青藏高原的典型反芻動(dòng)物，平均分布海拔3，250－5，500 m，屬鯨偶蹄目（Cetartiodactyla），?？疲˙ovidae），藏羚屬（Pantholops），是藏羚屬唯一物種。19世紀中期至20世紀初，猖獗的非法盜獵使藏羚的種群數量下降了約90％，2000年被IUCN紅色瀕危物種名錄評估為瀕危物種。經(jīng)過(guò)30多年的保護，藏羚的種群數量恢復到了20多萬(wàn)只，IUCN對其評級也從瀕危降為近危。藏羚不僅是世界上分布海拔最高的反芻動(dòng)物之一，也是青藏高原唯一具有長(cháng)距離遷徙行為的物種，是研究高海拔適應性機制和遷徙行為的良好模型。然而迄今為止，公開(kāi)數據庫中仍缺少藏羚高質(zhì)量的染色體水平基因組，嚴重限制了基于遺傳特征解析其物種適應、進(jìn)化及種群生態(tài)相關(guān)工作的開(kāi)展。
中國科學(xué)院西北高原生物研究所動(dòng)物生態(tài)與資源保護研究團隊聯(lián)合青海大學(xué)，基于PacBio HiFi三代基因組測序、Hi－C測序和DNBSEQ－T7二代基因組survey測序三種測序技術(shù)，成功組裝了藏羚染色體級別的基因組。結果顯示，藏羚基因組大小為3.1 Gb，Contig N50為84.6 Mb，所有基因掛載到30條染色體上（29?。），與之前的核型研究一致。數據評估顯示，藏羚基因組BUSCO得分為98.2％（S：92.3％，D：5.9％，F：0.8％，M：1.0％），平均QV值為70.14，表明組裝的連續性好，完整度和準確性高?；贓DTA和RepeatModeler從頭預測的藏羚基因組中重復序列注釋結果表明，藏羚基因組重復序列主要由SINEs、LINEs、LTRs 和DNA transposons四種類(lèi)型組成，序列總長(cháng)度為1.65 Gb，占基因組的52.47％；基于蛋白同源預測、蛋白從頭預測和深度學(xué)習等多種策略，在藏羚基因組上共注釋到28，330個(gè)功能基因。綜上，通過(guò)多種技術(shù)手段，首次獲得了藏羚染色體水平的高質(zhì)量基因組和注釋信息，為藏羚的適應進(jìn)化遺傳機制、保護遺傳學(xué)研究及進(jìn)一步探索物種遷徙行為的遺傳機制提供了重要的基因組資源。
相關(guān)研究結果以?A high－quality chromosome－level reference genome assembly of Tibetan antelope?。≒antholops hodgsonii） 為題，于11月12日在Nature旗下綜合性科學(xué)期刊Scientific Data（中國科學(xué)院二區）在線(xiàn)發(fā)表。西北高原所博士研究生徐波和青海大學(xué)陳家瑞副教授為共同第一作者，西北高原所張同作研究員和青海大學(xué)魏青副教授為共同通訊作者。該工作得到青海省自然科學(xué)基金團隊項目（2023－ZJ－901T）的資助。
論文鏈接：https：／／www．nature．com／articles／s41597－024－04089－z
藏羚基因組的組裝和注釋結果
藏羚的基因組特征及與近緣物種之間的基因組共線(xiàn)性結果
